3800形を引きつぐ形で1990年〜96年にかけて製造された3両連接型車両。800形は60kwのモーター2つで車体を動かしていたが、3900形は85kwのモーター2つとして出力をより強めた。外観も車両の長さが110cm長くなったり、ライトの形や車番の位置が変わったり、正面方向幕のガラスとフロントガラスの一体化がなされたりと、3800形との違いが見られる。車内は、床・シートの色調をいままでの車両のオレンジ系からグリーン系に変えている。この車両の登場により宮島線の高床車が全廃された。